《Fate/EXTRA Last Encore》的故事与第四次、第五次圣杯战争没有联系，是基于型月世界观设定的全新圣杯战争，以2030年的世界为舞台。2032年，人类在月球上发现超越人类智能的物质“Moon Cellular Automata”，这个物质可以控制一切事物，因此拥有这种物质的人就如同拥有了能够实现任何愿望的万能许愿机圣杯。为了争夺这个另类的圣杯，地球上各种组织和势力进入到“Moon Cellular Automata”灵子所购建的虚拟世界“SE.RA.PH”，“Moon Cellular Automata”将会自动选择出适合的人选在虚拟的世界中展开圣杯战争。