突然出现在世界上并开始吞食一切的神秘巨大生物，荒神。决心打倒所有荒神的一位少年，为了志愿成为GOD EATER而来到芬里尔极东支部。少年的名字是空木莲华。莲华在新人GOD EATER训练担当教官雨宫椿的属下，与同期的藤木浩太一起，立刻就开始了严苛的训练。莲华怀着想要早日参

这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GO