第二十一话:砂尘の果て
伊扎克与迪亚克在直布罗陀基地与“沙漠之虎”部队合流。大天使号与巴尔特菲尔德队开始决战,驾驶强袭高达的吉良也与安迪·巴尔特菲尔德交上了手。
为了扭转不利的局面,卡嘉莉驾驶空中霸王出击。一番激战过后,安迪·巴尔特菲尔德死于吉良之手。
第二十二话:红に染まる海
好不容易击败巴尔特菲尔德队的大天使号驶入了红海,成员们迎来了难得的休暇。然而这份宁静很快便被打破。ZAFT军的莫拉希姆队同时从空中及海上向大天使号发起了攻击。初次在水中作战的吉良陷入苦战之中。
另一方面,一直滞留在宇宙的克鲁泽队的阿斯兰和尼科尔开始向地球降下。
第二十三话:运命の出会い
大天使号艰苦地打退了莫拉希姆队的进攻,然而莫拉希姆队依旧锲而不舍地对大天使号实行追击。卡嘉莉再度驾驶空中霸王出击。
与此同时,和尼科尔一起降落到直布罗陀基地的阿斯兰被任命为萨拉队的队长,承担起指挥对大天使号作战的重任。阿斯兰乘坐输送机到卡奔塔利亚基地领取MS母舰,正巧被因机体中弹而偏离作战区域的卡嘉莉发现。小战过后,两人同时落到一个无人岛上
第二十四话:二人だけの戦争
卡嘉莉驾驶的空中霸王与阿斯兰所乘坐输送机同时被击落,两人降落在同一个无人岛上。在沙滩上遇到阿斯兰的卡嘉莉被阿斯兰以武力制服。由于电波障碍严重,两人都无法与各自的部队取得联系,只得在小岛上度过了一夜。
另一方面,吉良也在不停地寻找着卡嘉莉。天明的时候,两人分别被各自的部队救起。
第二十五话:平和の国
大天使号与追击的萨拉队展开了激战,由于作战地点十分靠近中立国奥布的近海领域,因此双方同时受到奥布军的警告。卡嘉莉表明了自己是奥布公主的身份,几乎被大破的大天使号进入了奥布的基地,萨拉队被迫撤退。
奥布的领导人乌兹米·纳拉·阿斯哈向玛琉等人表明了愿意向大天使号提供协助的态度;但作为交换条件,奥布必须得到强袭高达的战斗数据,以及吉良必须到朝霞社进行技术支持。
第二十六话:モーメント
总集篇(回忆)
第二十七话:果てなき轮舞
萨拉队一行四人借着奥布内部亲PLANT派的帮助秘密潜入了奥布。
与奥布达成协议的大天使号开始在奥布的基地中进行修理工作;另一方面,朝霞社的技术主任艾莉卡开始解析强袭高达的战斗数据。
吉良来到朝霞社,不但见到了朝霞社正为奥布开发的M1 Astray,还遇上了卡嘉莉。艾莉卡要求吉良协助朝霞社开发M1 Astray的操作系统。
第二十八话:キラ
玛琉向塞、多尔等人宣布了可以在军队本部与家人会面的消息。除了芙蕾之外,众人都十分兴奋。
在吉良调试M1 Astray系统的闲暇里,卡嘉莉向吉良谈起了自己加入抵抗组织的原因。
塞等人和父母见了面。不愿意见到父母的吉良在大天使号内等待着芙蕾,此举却被芙蕾认为吉良是在同情她,失态的芙蕾撕开了吉良心底的伤痕。
吉良的父母单独与乌兹米·纳拉·阿斯哈会面,言谈之中竟然牵涉着吉良出生的秘密。
吉良成功地完成了改良M1 Astray系统的任务;之后,在调整强袭高达时,阿斯兰送给吉良的机械鸟突然飞走。追寻着机械鸟来到基地操场上的吉良意外地发现了秘密潜入的阿斯兰。
第二十九话:さだめの楔
修理完毕的大天使号即将从奥布的基地中出发。原本想与大天使号一起行动的卡嘉莉被父亲的话所触动,留在了奥布。
在乌兹米、吉良的父母以及卡嘉莉等人的送别下,大天使号终于出发。
阿斯兰判断出大天使号的行进路线,并在大天使号的必经之路上设伏。双方在公海展开了激战,依靠强袭高达的三种装备,吉良在与萨拉队四机的战斗中占了上风。为了掩护阿斯兰,迅雷高达被使用剑装备的强袭高达拦腰砍中,尼科尔战死
第三十话:闪光の刻
迅雷高达被击破后,萨拉队不得已撤退。
胜利归来的吉良受到整备班的祝贺,但他本人却因为杀人以及与阿斯兰的关系而无法释怀。
另一方面,萨拉队的三人也因尼科尔的死而陷入痛苦之中,特别是阿斯兰无法原谅尼科尔因自己的错误而战死,决意杀掉吉良为尼科尔报仇。
萨拉队再度对大天使号发动了攻击。强袭高达、空中霸王一号机与圣盾高达、决战高达和暴风高达开始了惨烈的战斗。混战中,大天使号遭受重创,多尔驾驶空中霸王二号机出击。被穆击落的迪亚克向大天使号投降。赶去支援吉良的多尔被阿斯兰击坠。愤怒的吉良和阿斯兰均发动了SEED模式。一番死斗之后,阿斯兰启动了圣盾高达的自爆装置并脱出,强袭高达和圣盾高达同归于尽