第三十一话:恸哭の空
大天使号刚刚摆脱了萨拉队的纠缠,却又被奥斯曼队追击。在战力严重缺损的情况下,玛琉不得已放弃了对强袭高达和空中霸王二号机的搜寻救援工作,下令撤退。
接受大天使号救援请求的奥布军在吉良与阿斯兰激战的地方救起了阿斯兰,并移交给ZAFT军。
被玛尔基奥导师救起的吉良在拉克丝家里苏醒过来。
第三十二话:约束の地に
大天使号终于到达了阿拉斯加,但却被命令在舰内待机。
拉乌告诉逐渐恢复的阿斯兰,他因出色的表现而将被授予星云勋章。
塞一直安慰着因多尔在战斗中失踪的米丽雅。大天使号的医务室里,米丽雅对冷嘲热讽的迪亚克举起了刀,被刚刚进来的塞拦住;随后而来的芙蕾对迪亚克开枪,却因被米丽雅扑住而射偏。
第三十三话:暗の胎动
以维利亚姆·萨扎兰德上校为首,地球联合军军令部开始对大天使号上的指挥人员进行审议。另一方面,养伤中的吉良得到了拉克丝的精心照顾。
虽然肯定了大天使号的战绩,但萨扎兰德上校认为玛琉对此前一系列的事态应负相当的责任。查问会结束后,萨扎兰德还下达了穆、娜塔尔和芙蕾的转属命令。
为了接受星云勋章,阿斯兰从地球乘坐穿梭机返回PLANT。
第三十四话:まなざしの先に
穆、娜塔尔和芙蕾三人告别了大天使号。随后大天使号接到命令,由第八舰队转属阿拉斯加守备军第五护卫队。
由帕特利克·萨拉亲自发布命令,ZAFT军发动了Spit Break作战。然而其目标却并非原先的巴拿马,而是地球联合军总部所在的阿拉斯加。在联合军主力全往巴拿马布防的情况下,作为守备队的大天使号不得不出击迎战。正在拉克丝家里休养的吉良得知了Spit Break作战发动的消息,为大天使号上的友人们担心不已。
侵入联合军总部的拉乌遇到了尚未离开的芙蕾。听到拉乌的声音,芙蕾的眼前出现了父亲的幻觉。拉乌将芙蕾击昏并带走。
拉克丝领着吉良来到自由高达的格纳库。带着拉克丝的期盼,吉良驾驶着自由高达离开了PLANT。依靠着自由高达的强大力量,吉良轻易击破了两架拦截的MS,却与刚从地球返回的阿斯兰失之交臂
第三十五话:舞い降りる剣
“真·Spit Break作战”进行中。虽然ZAFT军取得了压倒性的优势,但由于联合军的顽强抵抗所造成的伤亡也不少。
拉乌、穆和娜塔尔得知了联合军真正的作战计划,即以阿拉斯加基地为诱饵,把ZAFT军吸引到这里,然后使用半径为10千米的破坏武器——“独眼巨人”予其毁灭性的打击。
穆返回到大天使号上,并将联合军的真意告诉了玛琉等人。玛琉决定撤出战场。然而,大天使号正被密密麻麻的ZAFT部队重重包围着。千钧一发之际,驾驶自由高达的吉良赶到,为大天使号解了围。
吉良将通过玛琉得知的联合军的作战方案通告了正在交战的双方,并劝双方停止交战,迅速撤离阿拉斯加基地。
“独眼巨人”系统启动,并造成了巨大的破坏。
“Spit Break作战”失败的消息传到了刚刚回到PLANT的阿斯兰耳中,同时,他还得知了“在拉克丝的帮助下,新MS被夺取”的消息。
第三十六话:正义の名のもとに
由于“Spit Break作战”的失败及自由高达被夺取,PLANT陷入一片混乱之中。PLANT最高评议会议长帕特利克·萨拉命令刚回到PLANT的阿斯兰去搜索自由高达被盗的协力人——拉克丝。
另一方面,与大天使号合流的吉良与众人商讨今后的出路。因为大天使号是未经许可私自撤离战场,所以返回联合军的话肯定会以敌前逃亡罪被拘捕,还不如流亡到奥布。
阿斯兰终于找到了拉克丝,然而对于拉克丝“战斗的意义”的疑问,他却无以为答。
被拉克丝告知吉良在地球上,阿斯兰驾驶着正义高达开始出击。
第三十七话:神のいかずち
大天使号到达奥布,然而却无法自由行动。奥布原代表乌兹米·纳拉·阿兹哈接到了地球联合“若不协力则视为敌对行为”的威胁。
在地球联合军的另一处重要据点巴拿马,于“Spit Break作战”中遭受严重失败的ZAFT军卷土重来,想要破坏巴拿马的质量加速机(Mass Driver);联合军方面则投入了量产型MS GAT-01 Strike Dagger以对抗,但在ZAFT军的超级武器“贡格尼尔”(这个名称来源于北欧神话中主神奥丁所使用的长矛)面前几无抵抗之力。
奥布将回收修复后的强袭高达转交给了大天使号,换成可由自然人进行操作的操作系统之后,配给了穆·拉·弗拉格驾驶
第三十八话:决意の炮火
巴拿马之战的结果是联合军高层(不如说是大西洋联邦的人更合适)万万没有想到的,焦虑的他们派蓝色波斯菊的总帅穆尔塔·阿兹拉艾尔率领太平洋舰队前往讨伐“非我即敌”的奥布。随同他们前往的除了量产型MS外,还有最新的三部GAT系列高达。
联合军的太平洋舰队兵临城下,一直保持中立的奥布不得不准备开战。大天使号决定帮助奥布抵抗联合军的技工,因此吉良驾驶的自由高达和穆驾驶的强袭高达与奥布的M1 Astray一起并肩作战。
众人陷入了与无视光束攻击的禁断高达、强力的接近战型强夺高达以及高火力的灾厄高达的苦战之中。而在这时,前来援助吉良等人的,是阿斯兰驾驶的正义高达和被释放的迪亚克驾驶的暴风高达。
第三十九话:アスラン
在阿斯兰及迪亚克的帮助下,吉良等人击退了驾驶三部最新的GAT系列高达的克罗特、夏尼和奥尔加,联合军太平洋舰队也因此被迫撤退。
原来克罗特等三人并非像吉良那样天生具有MS机师的禀赋,而是要借助药物人为地获得操纵MS的能力,所以实际上也是一种“强化人”(boosted man)。
另一方面,吉良和阿斯兰这对好朋友终于可以笑颜相对,站到一条战线上来。
而此时的联合军太平洋舰队重整了态势,以驾驶高达的克罗特三人为核心,再度来袭
第四十话:暁の宇宙 (そら) へ
联合军太平洋舰队再度对奥布发起攻击。战斗越发激烈,奥布本土岌岌可危,随时都有可能陷落。
奥布原代表乌兹米再三权衡后,决定放弃奥布本土。奥布的残存部队集中在宇宙舰草剃号及大天使号上,预备由质量加速机上向宇宙发进。
在吉良和阿斯兰两人的联手通力支援下,草剃号和大天使号成功地摆脱了太平洋舰队的攻击,自大气圈脱出。临行前,卡嘉莉终于知道了自己和吉良的兄妹关系。
目送草剃号和大天使号离开后,仍留在奥布的乌兹米按下按钮,进行了壮绝的自爆