高中生侦探工藤新一因为试图跟踪黑衣组织成员而被偷袭,并被灌下代号“APTX4869”的毒药,虽然幸免于死,但身体就此缩小成一年级小学生的模样,在阿笠博士的提议下,寄住于小兰的父亲毛利小五郎家中,不仅解决着各种案件,并且秘密调查黑衣组织。而他的真实身份一直隐藏在暗处,那么到目前为止都有什么人知晓他的真身呢?
阿笠博士
在新一被变小后,他介绍新一寄宿在毛利小五郎家中,而且还发明了许多设备帮助新一破案,是柯南最信任的理解者、协助者。柯南所使用的道具都是由其发明。现与灰原哀住在一起。爱车是大众甲壳虫。是第一个知道江户川柯南真正身份的人。
工藤优作,有希子
世界首屈一指的推理小说家,代表作品是《暗夜男爵》系列。推理能力在新一之上,与目暮警官是好友。他现与妻子工藤有希子定居在美国洛杉矶,经常周游世界,从阿笠博士处得知新一变小的事情。
有希子知道柯南的真实身份,假扮成柯南的母亲身份出现时,化名为江户川文代。
灰原哀
自己调查,之后由阿笠博士告知
贝尔摩德
黑衣组织重要成员,真实身份是美国女明星莎朗·温亚德。因某种原因恢复年轻或停止衰老(具体原因至今不详),而后对外宣称为“莎朗的女儿”克丽丝·温亚德。擅长易容术与变声术,各方面能力出众。在组织中负责收集重要的情报,是“那位先生”欣赏的人。经常单独行动,被称为“神秘主义者”。早年与工藤有希子在黑羽盗一(第一代怪盗基德)门下学习易容,成为朋友。曾易容为杀人魔后,被工藤新一、毛利兰救下。知道江户川柯南和灰原哀的真实身份,却并没有上报组织。认为柯南是可以摧毁组织的“银色子弹”。