怪盗基德
在《名侦探柯南》M 3《世纪末的魔术师》中,基德还得知了江户川柯南的真实身份(推测是通过窃听),但在《名侦探柯南》漫画原作中未明确表现出基德知晓柯南身份,此事也不影响《名侦探柯南》原作的发展和基本设定。
泽田弘树
弘树把自己的思想存入诺亚方舟中,诺亚方舟根据分析每个进入游戏的孩子的资料,知道柯南就是工藤新一。毕竟弘树开发的诺亚方舟就是研究人类基因的,每个人的基因不同,如果一样就说明是同一个人。弘树的父亲和工藤新一的父亲是世交,虽然弘树离开了生父,但肯定也知道工藤新一的事情,且工藤新一也小有名气。而且他说了一句谢谢你父亲帮助了我父亲,所以弘树不仅知道工藤新一这个名字,而且也知道有关工藤新一的事情。
爱尔兰
通过黑衣骑士面具上新一的指纹,跟美工课柯南捏的海豚上的指纹对比,得出了新一和柯南实为同一人的推论。
鲁邦三世、峰不二子、次元大介、石川五右卫门
在合作篇《柯南vs鲁邦三世 》中这几人的设定是一开始就知道柯南是新一的身份。