就在这时，示巴观测到了新的异变。西历2004年，在日本的某个地方都市，在这里，出现了从未出现过的“无法观测的领域”。迦勒底将这里假定为人类灭绝的原因，决定执行尚处于试验阶段的第六实验。那就是回到过去的时间旅行。寻找出时空奇点，究明真相或予以破坏的禁断的仪式。其名为圣杯探索——冠位指定(Grand Order)。